Hacettepe Üniversitesi Hastanelerinde çok sayıda laboratuvarda rutin klinik hizmetlerinin yanı sıra, hastalıkların moleküler/genetik tanısı da dahil olmak üzere tanı ve tedavisinde yeni yöntemlerin geliştirilmesi için bilimsel çalışmalar yapılmaktadır. Hem yurt içi hem yurtdışı kuruluşlarla birlikte güncel tedavilerin araştırıldığı birçok proje yürütülmektedir.
Hastanelerimizde alanında yetkin, tanınır, çalışmaları ulusal ve uluslararası bilimsel kuruluşlar tarafından ödüllendirilmiş çok sayıda bilim insanı çalışmaktadır. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler ve bunlara yapılan atıf sayıları açısından değerlendirildiğinde Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri uzun yıllardır Türkiye’nin en iyisi konumunda yer almaktadır. Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri akademisyenleri, her yıl düzenli olarak yurtiçi ve yurtdışı eğitim faaliyetlerinde bulunmakta, ülkemizi yaptıkları etkinliklerle en üst düzeyde temsil etmektedirler. Akademisyenler araştırma laboratuvarları ile işbirliği içerisine girerek çok sayıda deneysel ve öncü çalışmalara da imza atmaktadırlar.
Hacettepe Üniversitesinde 2009 yılı Kasım ayında kurulmuş olan Klinik Araştırmalar Birimi, klinik araştırmalar ile ilgili denetim ve düzenleme faaliyetlerini yürütmektedir. Güncel olarak en az 150’si aktif olan 900’ün üzerinde klinik araştırma mevcuttur. Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri içerisinde yer alan araştırma laboratuvarları, klinik ile yakın ilişkide olup ülkemizde ve dünyada özellikli ve nadir hastalıkların tanısının konulmasında öncü olmaktadır. Klinik araştırmalar, hasta tanı ve tedavisinde belirleyici olmakla kalmayıp çıktıları ile tanı/tedavi algoritmalarının güncellenmesini de sağlayarak tıp dünyası için yönlendirici olmaktadır.
Araştırma laboratuvarları her yıl düzenli olarak üniversite içerisinden, TÜBİTAK başta olmak üzere ulusal ve uluslararası kuruluşlardan proje desteği almaktadır. Araştırmacılar yurtdışı davetleri aldıkları gibi pek çok yabancı araştırmacı da Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri laboratuvar çalışmalarına gözlemci/araştırmacı olarak katılmaktadırlar.